MBE：ggtreeExtra

ggtreeExtra这个包之前有介绍过：《用图层叠加方法绘制环形进化树》

可以说这是我在2018年发表在MBE的延续，《文章发表：两种方法在进化树上可视化数据》，其中第二种方法，也就是facet_plot或者是后面可以用+号的geom_facet，这个可以说也是个骚操作，分面大家都以为是拿来用同一种方法可视化同一个数据的不同子集。而我却用来用不同方法可视化不同数据，突破了大家的想象力。更重要的是模块化的设计，让它背后拥有了整个世界，没错是整个世界，画树交给ggtree，已经没有对手，画数据交给ggplot2整个社区，没错是整个社区，因为各种扩展包，都能为我所用（当然有些包不兼容也是存在的），所以也不可能有对手，这一结合，就更加不可能有对手。

然而有一个问题，是利用了分面，也就意味着没办法用极坐标，限制了在circular布局上的应用。我最初写了一个gheatmap的函数，算作是个prototype吧，用来画树+热图，在函数内部对数据做了操作，让它可以画在树的右侧，变成极坐标，就成了画在外圈。

我对学生说，我想要写一个通用的，可以参考gheatmap，我要的是和geom_facet一样的接口，一样的用户体验。最终学生做出来的，在我意料之外，我本以为会按照gheatmap一样，在函数里对数据进行位移，结果学生开发出来的是通过定义Position对象，传给图层做位移，给我留下了非常好的印象。能够主动思考，做出让导师觉得impressive的成果，此处必须手动点赞！

所以ggtreeExtra可以看做是我在2018 MBE文章中第二方法的一个更好实现版本，它同样拥有整个世界，ggtree和整个ggplot2社区，而且支持更多的树布局。

点我下载文章PDF

文章最终发表在Molecular Biology and Evolution上，文章写得比较短，但我们写了很长的附件，足足有30页，用各种例子告诉大家，这个包多么好用，且没有对手。https://github.com/YuLab-SMU/plotting-tree-with-data-using-ggtreeExtra

与其它软件的比较，我们带来了更多的可能性。下面是几张我们在示例中画的图，看看就知道大概有多厉害。

简单一点的：

搞个统计图，搞个图片啥的，都不是问题：

复杂的图一点都不复杂，因为都是搭积木出来的，每一层都是简单得不得了。

前方高能，美图秀秀：

最后这个图，是我们的得意之作，我一定要学生找到个真实的数据来画。因为既然要画圈，就得能结合弦图，最后的呈现效果，还是比较满意的。

最后来一句广告词：忘了iTOL吧，ggtreeExtra拉着嫁妆（ggplot2社区），赶着马车（ggtree）来了。

文章发表：绝经后骨质疏松患者的肠道菌群以及代谢组分析

一章书发表：在树结构上展示数据

一章书发表：GO语义相似性度量

文章发表：解决进化树和数据的输入和输出

文章发表：画最好看的核型图

文章发表：两种方法在进化树上可视化数据

文章发表：Using meshes for MeSH term enrichment and semantic analyses

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文